正当科学出版社编辑出版工作蒸蒸日上的时候，“文化大革命”爆发了，赵仲池、朱务善等出版社的领导被批斗或“靠边站”，出版工作受到严重冲击。

1969年科学出版社机构被撤销，4月28日，第一批29人被下放到湖北潜江中国科学院“五七”干校劳动，同年10月，除少量留守人员外，全体员工集中到河南罗山“五七”干校，编制为五连，由许静任支部书记。与此同时，科学出版社上海办事处及设在全国19个城市的门市部全部关闭，中国科学院印刷厂转行印刷非科学类书刊。科学出版社的业务工作基本停顿。

1970年，中国科学院决定以科技宣传出版小组人员为基础，再选调部分原科学出版社、原科学普及出版社的人员组建一个新的“科学出版社”。1971年10月中国科学院调王台来出版社主持工作。

直到1972年5月，科学出版社才整建制恢复，下放“五七”干校的人员陆续返京归队。

1973-1976年，部分书刊恢复出版。据不完全统计，在1966-1976年这10年间，科学出版社所累计出版图书共850种，年均出书品种不及“文化大革命”前的1965年的1/3。

在“极左”思潮的影响下，“突出政治”、“配合现实斗争”不可避免地成为这一时期出版物的时代特色，科技图书也未能例外。竺可桢1970年10月21日的日记记录了筹建中的“科学出版社”1971年的选题计划，分为发展科技道路的毛泽东思想丛书、农业八字宪法丛书、农业新技术、工业新技术、小型企业、自然科学基础理论、新技术简介和字典手册等八类。预备出版200多种，其中著作130种，翻译30种，重印40种。这个计划并没有也不可能完全实行，却基本展示了科学出版社在“文化大革命”时期图书出版的总体情况。

科学出版社这一阶段的图书数量较多的是“为无产阶级政治服务，为工农兵服务，与生产实际相结合”的介绍工农业生产经验的科技知识读物，以及介绍国内外新理论、新工艺、新技术、新材料、新方法的书籍。这类图书多为图文并茂的小册子，便于携带查用，有手册、图鉴、连环画等多种样式。最具规模的是《农村科学实验丛书》，“文化大革命”期间出版了30多种，涉及面广，收集了广大工农兵群众在工、农、医各方面的科学实践活动。丛书在“文化大革命”结束后仍然延续，直到20世纪80年代中期。

左图为1970年8月《关于组建<科学出版社>情况的报告》院档案文件。

“文化大革命”期间出版的部分时代特色浓郁的科技图书。其中，《农村有线广播》、《猪病防治
手册》等大众化科普读物颇受欢迎，印数达数十万册，后被评为全国优秀科普作品

难能可贵的是，科学出版社这一阶段顽强地延续了《十二年编译出版规划》、《科学出版社十年出版工作计划（1963-1972年）》，以及“文化大革命”期间中国科学院制定的科学规划所指向的一些方向，一批有影响、有价值的好书仍得以在夹缝中艰难诞生。

1.有关基础科学的重要学术著作
主要有：李四光的地质力学系列著作（《地质力学概论》、《旋钮构造》、《区域地质构造分析》、《中国第四纪冰川》、《天文、地质、古生物资料摘要(初稿)》），杨钟健等著《合川马门溪龙》、《中国三叠纪水生爬行动物》，刘东生等著《黄土的物质成分和结构》，万哲先等著《有限几何与不完全区组设计的一些研究》，唐有祺著《化学动力学和反应器原理》，冯端、王业宁、丘第荣编著《金属物理（下册）》，侯德封等著《核转变能与地球物质的演化》，陆学善编《激光基质钇铝石榴石的发展》等。

2.各科研单位总结多年工作集体创作的重要成果

这些成果如《中国沙漠概论》、《夏季西太平洋热带天气系统的研究》、《中国第四纪冰川与冰期问题》、《计算方法》(上、下册)、《地震勘探数字技术》(1.4册)、《卫星云图在天气分析和预报中的应用》等。

重要的基本资料包括：《中国高等植物图鉴》、《珠穆朗玛峰地区科学考察报告》、《中国植物志》(第三十六卷)、《中国植物化石 第一册 中国古生代植物》、《海南植物志》、《秦岭植物志》、《东北草本植物志》(第三卷)、《中国地震目录》（1-4册）、《西南地区地层古生物手册》、《中国云图》、《长江鱼类》、《蛾类图册》、《中国按蚊鉴定手册（第二版）》、《太阳地球物理资料》、《卫星云图接收使用手册》等。

1969年，中苏关系紧张，备战需求凸显，全国掀起了一场中草药运动。为鉴定中草药标本，从植物中发掘药用价值，植物分类学得到重视，《中国高等植物图鉴》第一、二册的编写工作得以重启并于1972年出版发行，受到各方面的欢迎。《中国高等植物图鉴》至1983年完成出版，包括正编5册和补编2册，被国内外植物学家和植物爱好者广泛引用。该书荣获1987年国家自然科学奖一等奖，入选“中国科学院60年百项重大成果”。 

3.重要译著

重要译著包括：达尔文的《物种起源》、《生物进化论》，赫胥黎著、严复译的《天演论》、《人类在自然界的位置》，英国著名学者李约瑟的《中国科学技术史》（5卷，7册）等。值得一提的是，科学出版社从1973年起组织翻译出版了在世界上有着广泛影响的美国《科学年鉴》，译者们和责任编辑呕心沥血，使得这项高品位翻译工程在“文化大革命”中得以诞生并持续下来，直到1990年才由于版权合作未能达成协议而停刊，共出版了18期，取得了良好的社会效果。

4.期刊

“文化大革命”期间，几乎所有的科技期刊都停刊，不少科技人员在极端困难的条件下做出的成绩无法发表。1971年11月，周恩来批准了郭沫若的建议，考古研究所的《考古》和《考古学报》两个刊物复刊。1972年9月，中国科学院办公会议决定在京各研究所的20多种学术刊物复刊，外地的学术刊物也陆续复刊。1973年2月和7月，《中国科学》、《科学通报》先后正式复刊。一些重要学术论文历经曲折得以发表，如中国科学院生物物理研究所等单位关于胰岛素晶体结构的研究，著名数学家陈景润关于哥德巴赫猜想的研究，竺可桢《中国近五千年来气候变迁的初步研究》等相关论文。科学出版社的《化石》杂志还受到毛泽东主席的青睐。

1975年8月2日上午，胡耀邦同志在主持中国科学院工作后不久，即与院宣传出版局有关领导到科学出版社视察。胡耀邦同志在全社大会上发表重要讲话， 指示科学出版社出版工作的正确方向，《中国科学》、《科学通报》正确的办刊方针，使大家在浩劫中看到了光明。这对全社同志乃至全国科技界和出版界都是极大的鼓舞和激励，也预示着“文化大革命”后期我国科技出版事业正式恢复和发展的前景即将到来。

1975年为毛主席印制的大字线装本《化石》